Konflik keagamaan di Indonesia pasca Orde Baru terbagi menjadi dua jenis, yaitu konflik intra-agama dan konflik antar-agama. Konflik intra-agama yang paling sering terjadi di Indonesia pada masa ini adalah konflik sektarian. Konflik ini berkaitan dengan ideologi anti-Syiah dan anti-Ahmadiyah. Sementara konflik antar-agama di Indonesia pada masa